De 2017 à 2018, PMA2020 a piloté un nouveau module d'enquête sur la nutrition au Burkina Faso et au Kenya. Cette nouvelle enquête a été conçue pour fournir au gouvernement et aux partenaires du développement des données plus complètes sur la couverture des interventions spécifiques en matière de nutrition, le régime alimentaire et l'état nutritionnel des enfants de moins de 5 ans, des adolescentes et des femmes en âge de procréer, ainsi que sur la sécurité alimentaire des ménages et l'accès aux aliments enrichis.
La nouvelle enquête comprenait un questionnaire auprès des sites de prestation de santé afin d'évaluer la capacité des établissements publics et privés à fournir des services de nutrition. Les questionnaires ont été conçus, testés et affinés au cours de deux vagues de collecte de données représentatives au niveau national dans chaque pays. L'enquête sur la nutrition de PMA2020 comprenait des questions sur la couverture des interventions spécifiques en matière de nutrition et sur le régime alimentaire qui ne sont pas couramment mesurées dans les enquêtes sur les ménages représentatives au niveau national.